乌鲁木齐市人民检察院的前身是1951年4月成立的迪化市人民检察署，1954年9月更名为市检察院，1967年11月文革期间实行军管后被撤销，1978年恢复重建，1998年搬入现办公楼，办公楼面积15048平方米。市检察院下辖8个基层检察院：天山区人民检察院、沙依巴克区人民检察院、新市区人民检察院、水磨沟区人民检察院、米东区人民检察院、头屯河区人民检察院、乌鲁木齐县人民检察院、达坂城区人民检察院。

市院2011年被最高人民检察院授予集体一等功。近年来，全市检察机关先后荣获10个全国先进集体，43个单位和部门荣获自治区和市级荣誉称号，224名干警受到市级以上表彰和奖励。涌现出全国模范检察官艾合买提·伊明等一批全国检察机关先进个人。